نُفِّذ ترميم وتطوير مسجد السيدة نفيسة ضمن خطة الدولة المصرية الشاملة لتجديد دور العبادة بشكل عام، مع التركيز بشكل خاص على القاهرة التاريخية ومساجد أهل البيت عليهم السلام. تُشكِّل أعمال التطوير جزءًا من مشروع أوسع يمتد من سور مقرة العيون مرورًا بالفسطاط والسيدة عائشة والسيدة نفيسة ومصر القديمة والحسين والسيدة زينب وشارع السيدة زينب، وصولًا إلى الأشرف "بقيع مصر". يُعد مسجد السيدة نفيسة أحد أهم المساجد والمزارات الإسلامية في مصر، وقد خضع لتجديدات واسعة النطاق، شملت تجديد مساحته الداخلية والضريح والمناطق المحيطة به. كما عزز المشروع كفاءة الساحة الرئيسية وجميع الشوارع المؤدية إلى المسجد، وزاد المساحات الخضراء، ونفذ أعمال ترميم للحفاظ على أهميته الروحية والتاريخية.